Em 1968, o prefeito de Criciúma da época, Dr. Ruy Hulse, determinou levantamento dos alunos, enquanto o Dr. Benedito Narcizo da Rocha encabeçou a fundação da entidade no dia 17 de julho de 1968, com 19 beneficiados. A primeira sede foi cedida pela extinta CBCA, no bairro Santa Bárbara, em 1969. Vinte anos depois, em 1989, uma nova instalação foi disponibilizada pela Caixa Econômica Federal, no bairro Pinheirinho, local que, posteriormente, se tornou a sede própria.
Ao longo dos anos, a manutenção da entidade se deu graças ao apoio da sociedade e de convênios, já que ela não possui fins lucrativos. Graças ao esforço e dedicação de presidentes e voluntários, e de suas equipes, a Apae Criciúma se tornou uma das maiores do estado em termos de estrutura e número de atendimentos.
A equipe multidisciplinar é composta por médicos, fisioterapeutas, dentistas, psicólogas, pedagogas, fonoaudióloga, terapeuta ocupacional, nutricionista e assistente social. Além disso, são oferecidas atividades nas áreas de educação física, música, artes e informática.
Recentemente, a APAE Criciúma colocou em funcionamento duas importantes ferramentas, como a Casa de Habilidades da Vida Doméstica, doada pelo Clube da Decoração e Arquitetura (CDA), segunda do gênero no estado, e tem possibilitado a prática de tarefas do dia a dia, para maior autonomia dos alunos.
Já o Pediasuit, alia tecnologia e saúde. O equipamento, utilizado até pela Nasa, a Agência Espacial Norte Americana, atua no tratamento intensivo da diminuição da atrofia muscular, melhoria da consciência corporal e estabilidade postural, melhora do alinhamento biomecânico, equilíbrio, tônus e coordenação motora. O serviço é disponibilizado às Apaes de toda a região Carbonífera.